במערכת הביטחון התנהל ויכוח מקצועי סביב שאלה קריטית: האם המנהיג העליון של איראן, עלי חמינאי, אישר בחשאי את קידום פרויקט הגרעין – בניגוד לעמדה הדתית שהציג לאורך השנים. לוואלה נודע כי המודיעין הישראלי הביא ראיות חותכות לקפיצת מדרגה של איראן בשאיפתה להרכיב פצצה גרעינית, חרף ה"פתווה" המפורסמת – פסק שריעה שקבע קודמו של חמינאי, חומייני, וטוען שפצצה גרעינית נוגדת את ערכי האיסלאם. לצד חשיפת הניסויים, דווח גם על כוונה לשילוש קצב ייצור הטילים הבליסטיים – מה שהוביל את הרמטכ"ל רא"ל אייל זמיר ושר הביטחון ישראל כ"ץ לדחוף לקבלת החלטה מיידית בקבינט.
המודיעין הישראלי קבע בצורה ברורה ונחרצת כי האיראנים עשו קפיצת דרך בפרויקט הגרעין בחודשיים שקדמו לתחילת המבצע וכדי לבסס טענה זו הוצגו חומרים על ניסויים שמבצעים האיראנים במקביל מתחומים שונים בדרך להרכבת פצצת גרעין. בנוסף לכך, התקבל מודיעין מספק ואיכותי שהוכיח כי האיראנים פועלים לשילוש קצב הייצור של הטילים הבליסטיים שהיקף כזה לכשעצמו מהווה איום קיומי על שרידותה של מדינת ישראל ונכסיה האסטרטגיים.
