אותה הבטחה של בגין התפתחה למדיניות ישראלית רחבה וכך מאז נקראת המדיניות הישראלית בנוגע להימצאות נשק גרעיני במזרח התיכון בשם "דוקטרינת בגין". לפי דוקטרינה זו, ישראל לא תאפשר לאף מדינה במזרח התיכון לייצר נשק גרעיני שעלול לסכן את קיומה.
26 שנים אחר כך מימשה ישראל את אותה דוקטרינה, כשהשמידה בספטמבר 2007 כור גרעיני שנבנה בסוריה. הפעם ראש הממשלה היה אהוד אולמרט, המבצע נקרא "מחוץ לקופסא", וכמו במבצע בעיראק, הועדפה פעולה אווירית על פני פעולה קרקעית של יחידות מיוחדות. עם הזמן התברר כי מדינת ישראל מיישמת את אותה דוקטרינת סיכול גם נגד תוכנית גרעין שצומחת באיראן. את המערכה הזאת הוביל המוסד, בראשות מאיר דגן, ובניגוד למקרים הקודמים, הפעם היה מדובר בפעולות חשאיות של לוחמי מוסד ולא בהתקפה של חיל האוויר.
מדי פעם התפרסמו סיפורים על חיסול מדעני גרעין איראניים, תולעת מחשב זדונית שחוללה שמות במתקן הצנטריפוגות בנתאנז או מכירת מוצרים פגומים למתקני הגרעין באיראן, שחשפו חלק מאותה פעילות יצירתית. מלחמת הצללים של המוסד הצליחה לעכב את תוכנית הגרעין האיראנית, אבל לא לעצור אותה. עד שלפני שלושה שבועות יצאו מטוסי חיל האוויר למבצע שנועד להשמיד את אותה תוכנית. כמו החשש שהביע בגין לפני 44 שנים, גם הפעם עוד מוקדם לדעת האם המבצע קבר את מיזם הגרעין האיראני או שעיכב אותו.
דוקטרינת הסיכול הפכה רכיב משלים למדיניות ה"עמימות הגרעינית" שבה נוקטת ישראל. על פי מדיניות זאת ישראל נוקטת בעמימות בנוגע למידת התפתחותו ומטרותיו של פרוייקט הגרעין, כפי שביטא זאת ראש הממשלה לוי אשכול באמירה מעורפלת ש"ישראל לא תהיה הראשונה להכניס נשק גרעיני למזרח התיכון".
