גם ברמה הסביבתית קיימים חששות חמורים. קניון היארלונג צאנגפו, שבו נבנה הסכר, נחשב לאחד האזורים העשירים במגוון ביולוגי בסין, ומכיל שמורת טבע לאומית. הנהר צונח שם ב-2,000 מטרים לאורך 50 ק"מ בלבד, וההשפעה האקולוגית עלולה להיות בלתי הפיכה.
הפרויקט נתקל גם באתגרים לוגיסטיים: מדובר באתר מבודד, עם קושי בהבאת ציוד וכוח אדם, ועלות גבוהה של הקמת קווי חשמל שיחברו את ההפקה לאזורים המאוכלסים במזרח סין. למרות זאת, בייג'ינג טוענת כי לא צפויות השפעות שליליות על אזורים במורד הזרם, ומתחייבת לאמצעים להבטחת בטיחות והגנה סביבתית.
על פי שינחואה, הפרויקט יכלול חמישה סכרים מדורגים וימוקם בסמוך לעיר נינגצ'י שבדרום-מזרח טיבט. מהנדסים צפויים ליישר עיקולים בנהר ולהעביר מים במנהרות. לפי מהנדסים סינים, הפוטנציאל ההידרואלקטרי של הקניון נאמד ב-70 ג'יגה-ואט, מה שיהפוך את המיזם לפרויקט החשמל הגדול בעולם.
אופן המימון עדיין לא ברור, אך בסין מעריכים כי מכירות האנרגיה העתידיות יספיקו להחזר ההשקעה, וההיסטוריה הסינית בתחום ממזערת את החשש לקושי מימוני.
