כאלטרנטיבה למקטע הסגור, ולהפעלה המוגבלת של הרכבת במקטע הדרומי, יפעילו משרד התחבורה, עיריית ירושלים וצוות אב לתחבורה עבור הנוסעים מערך מתוגבר של קווי תחבורה ציבורית קיימים ויופעלו 4 קווי שאטל ייעודיים ללא עלות לאורך המקטע בו לא תפעל הרכבת.
במקטע שבו לא תפעל הרכבת יופעלו קו 500 מגבעת המבתר למרכז העיר, קו 501 מגבעת התחמושת לתחנה המרכזית, קו 502 מהתחנה המרכזית לעירייה וקו 503, מתחנת גבעת המבתר לעירייה.
במקטע הצפוני, בנוסף לפעילות הרכבת מנווה יעקב עד גבעת המבתר, יתוגברו תדירויות קווי התחבורה הציבורית הקיימים: 22, 25, 49, 65, 66 ,540, 541, ו-274. במקטע הדרום מערבי, יוארכו מסלולי קווי התחבורה הציבורית משכונות דרום מערב העיר שמספרם 29,27,24,21 ו-20 כך שיגיעו עד לתחנה המרכזית ולשוק.
העבודות נועדו לאפשר לקו הירוק לחצות את מסילת הקו האדום בצומת שרי ישראל ויפו, כאמור, ובצומת שרגאי, ליד המטה הארצי וגבעת התחמושת. במקביל ינצלו את ההשבתה תכנית אב לתחבורה וחברת שפיר, מפעילת הרכבת הקלה, לשיפוץ תחנת הטורים, ולשיפוץ מפלגי הרכבת ליד העירייה וליד הדוידקה.
הקו הירוק אמור להתחיל לפעול באמצע 2026, באיחור של יותר משנתיים, ויחבר בין גילה שבדרום ירושלים לגבעת רם, לתחנה המרכזית, למרכז העיר ולהר הצופים, עם שלוחה למלחה. אורכו של הקו 20 ק"מ, עם 41 תחנות, כאשר ב-2028 תיפתח שלוחה נוספת שלו, לגבעת שאול ולשכונת הר נוף. הפעלת הקו הירוק צפויה להכפיל את מספר נוסעי הרכבת הקלה, כאשר הקפיצה הבאה צפויה ב-2031 עם הפעלת הקו הכחול, שיגיע לשכונת גילה ולהר חוצבים, דרך מקטע תת קרקעי בן שלוש תחנות במרכז העיר, שיביא אווירת מטרו לבירה.
