עוד מגלה התחקיר כי נערכה ביקורת הגנת הבסיס במרץ 2023, שבה נמצאו פערים בתיאום, הדדיות בהגנה וחשש מירי דו-צדדי — בדגש על הקשר בין הבסיס הסמוכים זה לזה, שאחד מהם בעל חשיבות אסטרטגית למדינת ישראל. עם זאת, הפערים לא טופלו כמצופה לפני 7 באוקטובר.
בנוגע להיקף החיילים שנמצאים בכוננות בשבת — גם בנושא זה עלו ליקויים. עם זאת, יש לציין את מפקדי ולוחמי גדוד נשר (414), שהגיעו אל הבסיס והרגו שמונה מתוך עשרה מחבלים (מתוך שלושת הבסיסים, הם היחידים שהיו בעלי כשירות לוחמים), חרף העובדה שלא הכירו את הבסיס ולא ידעו את מיקום האויב.
התחקיר מעלה כי תרגיל הגנת בסיס משותף, שתוכנן לפני 7 באוקטובר, נקבע לאחרי החגים. עוד מודגש כי נערכו שלוש ביקורות שונות בבסיס לפני המתקפה — מטכ"לית, של פיקוד העורף ופנימית — וכולן הצביעו על הגנת הבסיס ושיתוף הפעולה בין הבסיסים כפער. בתוך כך, העלה התחקיר כי הייתה קבוצת וואטסאפ משותפת לשלושת הבסיסים, ודרכה עבר המידע בזמן ההתקפה על הבסיס — דבר שתרם לסיום המהיר של ההתקפה.
התחקיר גילה מסמכים של המחבלים. אחד המתחקרים נדהם מהדיוק בפרטים שהיו בידיהם על בסיס המודיעין הסמוך — שמות אתרים ומיקומם — חרף העובדה שמדובר בבסיס סודי ובאמצעי לחימה רבים. עוד מגלה התחקיר כי בביקורת שבוצעה שלושה ימים לפני 7 באוקטובר, אותרו שלושה בני מיעוטים שעובדים בתוך הבסיס מבלי שעברו בקרה ביטחונית בהתאם לנהלים.
