בעקבות פסק הדין שפורסם לפני כשלושה שבועות, שיגרה היועצת המשפטית לממשלה, עו"ד גלי בהרב-מיארה, מכתב אל ראש הממשלה נתניהו, בו ציינה כי מאחר שבית המשפט קבע שהוא פעל במצב של ניגוד עניינים, עליו להימנע מכל פעולה הנוגעת למינוי ראש שב"כ חדש עד לגיבוש הנחיות משפטיות שיבטיחו את תקינות ההליך. "נפסק כי היה עליך להימנע מכל מעורבות בסוגייה זו", ציינה, והדגישה: "הנחיות יגובשו בימים הקרובים".
הנשיא עמית הוסיף וקבע כי ראש הממשלה היה מצוי בניגוד עניינים במועד קבלת ההחלטה, על רקע חקירות מקורביו במסגרת פרשת הדלפת המסמכים המסווגים ופרשת המימון הקטארי. זאת בפרט מכיוון שראש הממשלה הודיע בעצמו, בכמה הצהרות תקשורתיות, כי החקירות עשויות להשפיע, בין היתר, על מצבו האישי והפוליטי.
"משראש השב"כ מעורב בעצמו בניהול אותן חקירות, לסיום כהונתו עשויה להיות השפעה משמעותית על התפתחותן. משכך, נקבע כי במצב דברים זה ראש הממשלה מצוי בניגוד עניינים שמקים לו מניעה מלהיות מעורב בשאלת הפסקת כהונת ראש השב"כ".
