שופטי בג"ץ, נשיא העליון יצחק עמית, המשנה לנשיא נעם סולברג והשופטת דפנה ברק-ארז פרסמו הערב (ד') פסק דין דרמטי בעתירות נגד הדחת ראש השב"כ רונן בר. הם קבעו בפסק דין כי ההחלטה על פיטורי בר היתה "חסרת תקדים בקורותיה של המדינה, התקבלה בהליך לא תקין, מבלי שהסוגייה הובאה בפני הוועדה המייעצת, בסתירה להחלטות ממשלה קודמות, תוך הפרת כללי ניגוד עניינים. ללא תשתית עובדתית נאותה, ותוך הפרת זכות הטיעון של ראש השב"כ". עם זאת, מאחר ובר כבר הודיע שיסיים את כהונתו בחודש הבא – הם ציינו שאין צורך בסעד מעשי.
החלטת בג"ץ מגיעה לאחר עתירות שהגישו נגד הדחתו של בר שורה של ארגוני חברה אזרחית, ובהם התנועה לאיכות השלטון, פורום חומת מגן לישראל, התנועה לטוהר המידות, משמר הדמוקרטיה, מפקדים למען ביטחון ישראל (הכולל בכירים לשעבר במערכת הביטחון), כמו גם עתירות של פעילים חברתיים ואנשי ציבור ובכירים אחרים במשק והן של סיעות האופוזיציה.
בעתירות נגד ההדחה נטען כי ההחלטה התקבלה בממשלה בניגוד לדין, תוך ניגוד עניינים חמור וחריף ביותר של נתניהו, מתוך שיקולים זרים ופוליטיים, וללא הליך מינהלי תקין, ובכך ההחלטה מסכנת באופן ממשי את ביטחון המדינה. בין השאר מוזכרות בעתירות כי הדחת בר נעשית על רקע החקירות שהשב"כ מנהל בפרשת קטארגייט, שבמסגרתה נחקרת הסביבה הקרובה של נתניהו, כמו גם פרשת הדלפת המסמכים המסווגים לעיתון ה"בילד" שבה חשודים אנשי לשכתו.
עוד מוזכר כי החלטת הממשלה נעשתה ללא היועצות עם היועמ"שית ובניגוד לעמדתה ולהבהרה שלה מראש כי קודם להחלטה על הממשלה לקבל את המלצת הוועדה המייעצת למינויים בכירים, כפי שהממשלה עצמה החליטה בהחלטה קודמת בשנת 2016, וכפי שהובהר בחוות דעתו של המשנה ליועמ"שית עו"ד גיל לימון, בטרם כינוס ישיבת הממשלה.
בין השאר נטען כי הדחת בר נועדה לחסום את החקירות ולהחליף אותו בראש שב"כ "נוח" יותר לממשלה ולעומד בראשה. עוד נטען באחת העתירות כי ייזום הפיטורים של בר נעשה רק לאחר שתחקיר שב"כ על הרקע לאסון 7 באוקטובר הצביע במובהק על אחריות הדרג המדיני לאסון.
עוד טענה הממשלה בתגובתה ש"בכל מדינה דמוקרטית סמכות זו נתונה לאחריותה של ממשלה הנבחרת על ידי הציבור – הוא הריבון. הפקעת סמכות ואחריות ביטחונית והעברתה לבית המשפט הנכבד, אשר מצדו נעדר כלים לממש אחריות ביטחונית, מותיר את המדינה ללא אחראי ברור לביטחונה ולשלום אזרחיה וחייליה".
לתגובת היועצת המשפטית צורף גם נספח מטעם ראש השב"כ בר, שבו כתב גם הוא כי "נדרש פסק דין עקרוני שיסדיר את מערכת היחסים בין השב"כ לממשלה, ובדגש על הציפייה לנאמנות אישית". בר הזכיר את התצהיר יוצא הדופן בחריפותו, שהוא עצמו הגיש לבג"ץ בהליך, וכתב כי "העניין אינו נוגע אליי באופן אישי, אלא לעתידו של שירות הביטחון הכללי, וליכולתם של ראשי השירות שיבואו אחריי למלא את תפקידם במקצועיות, בממלכתיות תוך הקפדה שסמכויות השירות וכליו ישמשו למטרות שלשמן הן נועדו בלבד".